Организационная структура
Председатель Союза – Зинченко Илья Тихонович. Генеральный секретарь – Эльнур Джабиев.
Преследования баптистов
В Азербайджане баптисты регулярно подвергаются преследованиям:
Незаконное закрытие христианского летнего лагеря для детей, конфискация христианской литературы, угрозы со стороны работников полиции и рукоприкладство (июль 2009 года).
Незаконные действия работников полиции, в результате чего, по обвинению в нелегальном хранении оружия, баптистский пастор Хамид Шабанов (Алиабад) приговорен 11 февраля 2009 года судом Азербайджана на 2 года исправительно-трудовых работ.
Баптистские общины вынуждены терпеть бюрократические затягивания государственной регистрации. Заур Балаев уже в течение 15 лет пытается зарегистрировать свою общину в Алиабаде. Баптистская община в городе Нефткала для государственного признания должна предоставить документ – доказательство того, что здание, используемое с 1966 года, действительно принадлежит общине. Данный документ был подан в комплекте с предыдущим заявлением, но был утерян. В выдаче дубликата в замен утерянного чиновники отказали. Здания церквей, отнятые у баптистских общин Советской властью, так и не были возвращены обратно. Так, конфискованное в 1931 году здание, существовавшее с 1911 года в Баку как Дом молитвы, до сегодняшнего дня не возвращено и используется в качестве кинотеатра (22 января 2009 г.).
В начале мая 2008 года двое баптистов потеряли свою работу только из-за их веры. Им даже открыто сказали об этом, когда увольняли без предупреждения (27 мая 2008 г.).
Международная деятельность
СЕХБА входит в следующие международные христианские организации:
Евро-Азиатская федерация союзов евангельских христиан-баптистов
Всемирный союз баптистов
Европейская баптистская федерация